تعتبر هذه الكنيسة من أقدم الكنائس الثلاث القديمة والعاملة ليومنا هذا مع كنيسة مار نقولا والسيدة للروم الأرثوذكس، كانت الكنيسة في القرون الماضية ديراً " دير مار يعقوب " إحدى أديرة البطركية اليعقوبية الأرمنية بالقدس.

 توجد لوحات حجرية منحوتة باللغة الأرمنية القديمة تحمل التاريخ 1254 على الباب الرئيسي للكنيسة وهو تاريخ بناء الكنيسة , كما نشاهد على الجدار الغربي الشمالي لوحات حجرية منحوت على إحداها بالعربية 1380 والثانية 1183 وهي أحجار أضرحة لأشخاص أو كهنة أو من دفنوا قرب الكنيسة.

تعتبر الكنيسة من حيث الهندسة العمرانية من أقدم معالم الفن العمراني الخاص لمدينة اللاذقية وكان الدير عبارة عن أرض تسمى هوكيدون (البيت الروحي) ثم اختصر الاسم إلى كيدون وسكنت فيه العائلات في بيوت مؤلفة من غرفة واحدة مسقوفة بالتنك، تحوّل الدير إلى مدرسة لتعليم الأطفال وسميت باسم مدرسة القديس يعقوب الأرمنية حيث درّست مع اللغة العربية اللغة الأرمنية والإنكليزية والفرنسية وشملت المدرسة مرحلتين روضة وابتدائية حتى الشهادة الابتدائية .

عام 1965 سميت المدرسة باسم مدرسة الشهداء الابتدائية الخاصة بمرسوم خاص سمح بتدريس اللغة الأرمنية الطقسية إلى جانب برنامج مديرية التربية كاملاً.

سطح المدرسة كان من التنك وبعد سنوات صب من الاسمنت وبمبادرة من المجلس المحلي الأرمني باللاذقية وبترخيص من بلدية اللاذقية وبالتعاون مع مكتب الآثار تم ترميم المدرسة في عهد السيد الرئيس الدكتور بشار الأسد .

واليوم يشكل بناء المدرسة بناءً حضارياً جميلاً يحتضن البناء الأثري القديم وقد

تم ترميم الكنيسة في عهد الرئيس الراحل حافظ الأسد وتدعى كنيسة السيدة العذراء للأرمن الأرثوذكس .